截至2009年12月31日，全国31个省（区、市）累计报告甲流确诊病例12万余例，已治愈11万例，死亡648人。卫生部1月2日通报指出，全国流感哨点监测结果显示，2009年12月流感病例占流感样病例的比例为42.4%，比11月的52.2%明显下降；甲流病例占流感病例的比例为85.9%，比11月的89.3%有所下降。
通报指出，2009年12月，我国内地疫情波及范围进一步扩大。除海南省外，其他省（区、市）均报告了死亡病例。北京、上海等一些大城市学校暴发疫情明显下降，但疫情继续向农村蔓延、向社区扩散。12月报告的重症和死亡病例数显著增加。数据分析提示，慢性基础病患者、肥胖人群和妊娠妇女易成为甲流重症、危重症患者。综合局部地区人群感染水平调查结果和甲流疫苗接种情况，专家推算，我国内地约15%的人口具有抵抗甲流病毒感染的免疫保护力，因此可以认为全人群的整体免疫保护水平仍较低，有效的免疫保护屏障尚未建立。
据统计，截至2009年12月31日，全国累计完成甲流疫苗接种4991万人。疫苗接种异常反应监测显示，疑似预防接种异常反应报告发生率约为12.4/10万，严重异常反应报告发生率约为0.1/10万；在12月疫苗接种人群中出现2人死亡，经证实均与疫苗接种无关。我国疫苗接种不良反应发生率未超过国内外甲流疫苗临床试验结果，与世界卫生组织通报的各国数据基本一致。
卫生部专家分析指出，近期甲流病毒出现明显变异的可能性仍然较小。我国流感监测网络显示，境内流感样疾病活动水平近期下降，但考虑到全人群免疫保护水平有限、有效免疫保护屏障尚未形成，随着疫情向社区和农村扩散，预计在未来一段时间内，病毒传播将依然活跃，局部地区出现暴发疫情的风险仍然存在，每周新增重症和死亡病例数仍将维持在较高水平。
